fst计算
2021-05-30 本文已影响0人
超级宇航员
FST分析
首先将plink文件转化成VCF文件（转换方法见plink章）
准备两个种群文件sample1andsample2
sample1代表一个群体ID
xi1
XI2
xi3
sample2代表一个群体的ID。
qi1
qi2
qi3
qi4
用vcftools进行fst分析:test.vcf为输入文件。
vcftools --vcf test.vcf –weir-fst-pop sample.txt –weir-fst-pop sample2.txt –out outfile
