学习小组Day3-沈荣
2020-12-13 本文已影响0人
SR荣寶
一、linux环境下的软件安装
1.了解conda
类似于软件商店，包含许多软件包管理器。可以分为三类级别：conda、anacanda和miniconda（主要管理的是生信方面的软件）
2.下载miniconda
①在miniconda 清华网站上复制下载链接，在xshell上先cd ~/biosoft进入biosoft目录下，然后wget （右键粘贴）网址链接，下载完毕。
②bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，一直Enter直至要求你输入yes,再按一次Enter，此时会出现如下文字
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
一定要按yes，否则失败。（tips：安装失败就要先回到bio07主目录下删除miniconda3目录，然后再重新安装才能成功。）
③激活:输入source ~/.bashrc，回车，在输入conda，显示大量信息，表示安装成功。
④添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3.软件安装
①查看服务器里所有的软件：conda list
②搜索所需下载的软件：conda search fastqc，等待一段时间会呈现所有相关软件
③安装与卸载软件：
安装：conda install fastqc -y(y表示所有询问回答yes，不加-y需要手动Enter，并且不会显示所下载和更新的具体信息，如下图)，会显示下载的软件及大小。
卸载：conda remove fastqc -y
二、conda环境
1.什么是conda envirment
理解类似于见什么人说什么话，用来分析什么就要用什么特定的环境，也可以理解为分身。
2.查看已有环境：输入conda info --envs，显示当前已有环境：
3.创建新环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(不要忘了-y)
4.激活新环境：conda activate rna-seq(括弧里由base变成了rna-seq)
退出环境：conda deactivate(括弧内又回到base)
三、思维导图
