9-2/-3文件读取，R

常见报错：找不到文件

• 文件没有存放于工作目录下（Rprojecct）
• 拼写错误 （用tab自动补齐）

文件读入的练习

• 注意不要惹上因子 options(stringsAsFactors = F)
• 参数 check.names = F 能避免让函数自动检查并改变你的文本 eg.如果不加这个参数，列名的 "-" 会变成“.”
• 参数 comment.char = "!" 能让函数在读取文件时将以"!"开头的行视为注释，从而在读入R时忽略这些行
• 参数 fill = TRUE，能够在读入时自动补齐，避免出现某一个观察的变量不足而无法读入，但是在读入后应检查你的数据框
• 参数 skip = 65，能够在读入自动跳过前65行

下面是讲课的知识点，相应的代码和练习题

#1.读取ex1.txt
ex1 = read.table("ex1.txt")
#这种格式如果列明没有在第一行，命令应该改成：
ex1 = read.table("ex1.txt"，header=T)

#2.读取ex2_B cell receptor signaling pathway.csv
ex2 = read.csv("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv",
               row.names = 1, check.names = F)
#把第一列设置为行名；把自动修改列名关闭

#3.读取GSE32575_series_matrix.txt，赋值给gse。
gse = read.table("GSE32575_series_matrix.txt", 
                 comment.char = "!",
                 header = T,
                 row.names = 1)
#数据库下载数据前面包含！：是对数据的说明，comment.char = "!"跳过；后面两部操作是对前面的复习，归复行列的位置

#4.描述gse的属性
dim(gse)
colnames(gse)
rownames(gse)

#5.将gse导出为新的txt和csv文件。
write.table(gse, file = "zz.txt")
write.csv(gse,"zz.csv")

#6.将gse保存为Rdata并加载。
save(gse，file = "zz.Rdata")
load（“zz.Rdata”）

#7\. 加载 zz.Rdata 并查看有几个数据
(load("zz.Rdata"))

#练习：
#1.读取complete_set.txt（已保存在工作目录）
a <- read.table("complete_set.txt", header = T)
# 2.查看有多少行、多少列
dim(a)
# 3.获取行名和列名
rownames(a); colnames(a)
# 4.导出为csv格式
write.csv(a, file = "xx.csv")
# 5.保存为Rdata
save(a, file = "xx.Rdata")
# 6.加载class.Rdata,查看数据类型
(load("class.Rdata"))
class(y)

高阶数据读取指南

小洁老师倾情分享，高阶数据读取指南

R语言能读取的文件格式

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用于读取/导出文件的R包

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