以安装R包DEseq2为例

1. 常规

install.packages("DEseq2")
install.packages("DEseq2", dependencies=TRUE, repos="http://cran.rstudio.com/")
install.packages("DEseq2", dependencies=TRUE, repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

2. source bioconductor官网

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")

3. 3.5版本以上的R的最新安装办法

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

4. 原网址调取

rpackage <- "https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/DESeq2_1.22.2.tar.gz"
install.packages(rpackage, repos=NULL, type="source")

5. github 调取安装

install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("DESeq2")

6. 批量安装R包，可参考生信菜鸟团

(http://www.bio-info-trainee.com/5764.html)

7. 安装本地R包

install.packages("~/magick_2.0.tar.gz", repos = NULL)

8. 安装指定版本R包

require(devtools)
install_version("ggplot", version = "3.2.1", repos = "http://cran.us.r-project.org")

更改镜像

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))  #清华
options(repos=structure(c(CRAN="http://mirrors.opencas.cn/cran/")))  
options(BioC_mirror="http://mirrors.opencas.cn/cran/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 

普通联网问题

options(download.file.method = 'libcurl')

修改R包安装位置

#查看当前有什么路径
.libPaths()
# 然后加入新路径
myPaths <- .libPaths()  
# 新路径是：~/R/3.5.0/library
new <- c('~/R/3.5.0/library')
myPaths <- c(myPaths, new) 
.libPaths(myPaths) 

查看已经安装的R包位置

find.package("DEseq")

查看已经安装的R包版本

packageVersion("DEseq")

卸载已经安装的R包版本

remove.packages("DEseq")

调用指定lib下的R包

library("DEseq",lib.loc="/home/aaa/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")

显示英文报错信息

Sys.setenv(LANGUAGE = "en")

禁止chr转成factor

options(stringsAsFactors = FALSE)