R语言入门与基础绘图系统 1

1. 什么是R语言？

R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图和数据挖掘。

R语言是从S语言演变而来的。

2. R语言能干什么？

• 理论上来说，其他高级编程语言能做的，R基本上也都能实现，但一般不把R当做是一门严谨的编程语言，因为其语言设计很像一门统计分析语言，其中有很多默认参数，因此具体问题时需要细心去调试。

• 实际上来说，R主要在统计学相关内容以及绘图上有相当大的优势。

▷ R语言做统计分析举例

R语言做统计分析举例 1 R语言做统计分析举例 2 R语言做统计分析举例 图3

3. R语言的入门路线

• 下载对应系统的R语言安装包并安装 (http://www.r-project.org/)

• 下载R studio

• 打开R Studio配置一个你喜欢的颜色

• 开始使用R

当你在使用R的时候，你已经在入门了！

▷ R语言学习参考书：

a. 《R For  Beginners 2.0》——完全没有经验的朋友

这是一本非常薄的网络社区写作的免费的电子书，非常严谨，使得你对R语言有个基础的认识，知道R可以用来做什么。当你把这本书里所有的代码敲过一遍之后，你就相当于已经入门R语言了。

b. 《统计建模与R软件》——对于有点R经验想学统计的朋友 （清华大学出版社）

这本书里面有大量的统计推导。我们用的比较多的，如聚类分析，一些降维，PCA分析等多元统计分析，非参检验（ks检验、卡方检验）。这本书不但告诉你怎么用这些分析也给出了相应的推导。

c. 《R语言实战》——对于想要个一本通的朋友 （人民邮电出版社和中国工信出版集团 ）

4. R语言的下载与安装

R语言的下载与安装 图1 R语言的下载与安装 图2 R语言的下载与安装 图3   R语言的下载与安装 图4

5. R语言与Rstudio

• R Studio是一款免费，开源的最好用的R语言的IDE程序（IDE，交互式的开发环境，是在R语言的基础上开发了一套带有代码写作与调试功能的程序。）

▷ 在绘图与帮助区域，第一个标签为Files，可以浏览整个系统中的文件，第二个为Plots，在左边用代码画了个图在这个区域可以出小样。第三个为Export，把图导出。第四个为Packages，能找到所有R语言里已经安装过的包。

• 如何安装和使用R Studio

a. 下载最新版R并成功安装；b. 下载最新版的R Studio并进行安装； c. 打开R Studio设置自己喜欢的颜色与字体；d. 命令行区域输入： print("hello world in R!")

6. R语言的包管理

• R包介绍： R包也称为R程序包，是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。

• 完成特定的分析功能，需要用相应的R程序包实现。例如，用ggplot2进行快速绘图；做差异表达分析时用到DESeq；做芯片处理可能需要用到limma, affy等包。

（1）R包的安装

做生物信息学最容易需要接触3类包： 

▷ CRAN中的R包 （install.packages("package name")）

CRAN是R的官网，任何人都可以按照该网站的规则提交R包。只要是在CRAN上提交的R包，都可以使用install. package()函数进行安装，但是安装的时候需要联网。

▷ Bioconductor上的R包 （biocLite("package name")）

Bioconductor是一个专门做生物信息学R包的平台，里面发布了各种做生信分析的R包，如最常用的芯片数据分析。

▷ 私人发布的R包....

7. R语言中的基础绘图系统

• R的基础绘图系统

▷ 基础绘图系统中的低级绘图函数：创建画布，点，线，多边形

基础绘图系统中的高级绘图函数：plot(), boxplot(), hist(), density()等等

• R的高级绘图系统

▷ grid绘图系统：基于grid绘图系统开发的ggplot

▷ lattice绘图系统

此文为北京大学 Hovard Meng（孟浩巍博士）知乎live的笔记。侵删。