Seurat中的DefaultAssay

问题：在跑流程的时候可直接用的Seurat单细胞转录组整合（去批次）流程，最新版整理，看到了这个DefaultAssay(integrated) <- "integrated"。查一下这个函数是干嘛的？设置 Defaultassay为" integrated"或"RNA"是什么意思，他们有什么区别

Seurat 整合流程官网Introduction to scRNA-seq integration

#DefaultAssay(integrated) <- "integrated"
integrated <- FindClusters(integrated,resolution = 1)#调分辨率

背景

这里要提一下SeuratObject的数据结构单细胞转录组分析中的各种数据结构

Assays
Assays：assays里有一个元素“RNA”，访问assays对象的内部结构可以直接跟中括号，例如pbmc[['RNA']]。slot下的第一层用[[]]，第二层用@。例如pbmc[['RNA']]@data

默认情况下，我们是对Seurat中的RNA的Assay进行操作。可以通过@active.assay查看当前默认的assay，通过DefaultAssay()更改当前的默认assay。

结论

# 进行整合分析
DefaultAssay(immune.combined) <- "integrated"

# 进行识别保守细胞类型标记
DefaultAssay(immune.combined) <- "RNA"

数据集成过程将返回一个“修正”值的矩阵。

1.设置为 integrated可以理解为：这是整合后的数据。您可以将其看作批处理调整的数据。

2.将 Defaultassay设置为RNA",意味着接下来的分析将基于原始值

3.可以使用整合的数据进行聚类。但是对DE使用 integrated是不合适的，而且大多数工具只接受原始的DE计数。

参考来自
Seurat中的DefaultAssay - 简书 (jianshu.com)

这里有个完整的整合流程

Seurat(v4)官方教程 | Introduction to scRNA-seq integration