肿瘤miRNA,这个数据库好用到爆!
2019-06-22 本文已影响16人
医科研
作者:白介素2
有没有一个数据库可以做到一览众山小,把各种肿瘤中差异表达的miRNA全部收入囊中,提供一个全景图?
当然有啦,要不你现在看的啥?
先来看看大概长啥样?芳名:dbMEMC 2.0 http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/
大概可以看到一些信息,利用 TCGA,GEO数据库找到数据集,limma包分析找到差异基因,包括不同的肿瘤不同的数据集全部整合。下面是大概的一个数据情况,背景呢就是发表在 大名鼎鼎的核酸研究上
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用法1-看自己感兴趣的miRNA在不同肿瘤数据集的情况
image.png结果如下,这个操作有哪些好处?看下表达趋势是否在不同数据集一致?还可看不同肿瘤中的情况如何?考虑一下要不要继续往下做。同时你又找到了数据集,是不是可以顺便做点数据挖掘,这下就不用去 GEO挨个找了。
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用法二:看自己感兴趣的肿瘤,包揽各数据集,点一点就能看。
image.png用法三:看自己miRNA各肿瘤热图
image.png是不是以为没有用法了? 补充用法,作者整理好的数据集,分析好的表达数据,咱们可以直接下载之后用就是了,记得引用下哈。
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关于这个数据库的内容,说到这儿,大家心里都有数了吧?
内容就分享到这里,白介素同学祝大家用得愉快!
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