【linux 常用】
2023-01-02 本文已影响0人
佳奥
这里是佳奥！这一部分是Linux常用的命令。
1、释放WSL2子系统空间
Windows PowerShell
wsl -l -v
wsl --shutdown
diskpart
进入新窗口
select vdisk file="C:\Users\22789\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu22.04LTS_79rhkp1fndgsc\LocalState\ext4.vhdx"
DiskPart 已成功选择虚拟磁盘文件。
compact vdisk
DiskPart 已成功压缩虚拟磁盘文件。
detach vdisk
2、删除进程
ps -ef | grep fastq | grep -v grep | cut -c 9-15 | xargs kill -s 9
3、改命令行配色
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
4、启动ssh服务
sudo service ssh start
解决报错：sshd: no hostkeys available -- exiting.
ssh-keygen -A
/etc/init.d/ssh start
5、conda镜像：
$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh
6、启动conda进程
$ source ~/.bashrc
7、conda创建小环境报错，排除网络问题和频道问题后，运行：
conda clean --packages && conda clean --all && conda update --all
8、赋予文件全部权限，xxx文件名
sudo chmod -R 777 xxx/
9、赋予脚本运行权限，xxx脚本名
chmod u+x xxx
10、conda/memba安装软件
mamba install fastqc
11、conda全局更新
conda update --all
12、conda报错solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
再新创建小环境即可
13、添加sratoolkit到环境
$ export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin"
echo 'export PATH=$PATH:/opt/sratoolkit/bin' >> ~/.bashrc
source ./bashrc
vdb-config -i #进入配置文件后按c,在location of user-repository设置下载好的文件的位置,设置完成后按s保存x退出界面
14、添加TrimGalore到环境
export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/trimgalory/TrimGalore-0.6.7"
15、Linux全局更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade
16、循环比对bwa(wes分析)
ls *_1.fastq>1
ls *_2.fastq>2
paste 1 2 > config
然后进vim添加一列sample名，用tab键分隔
##已有config文件
##7E5241 7E5241.L1_1.fastq 7E5241.L1_2.fastq
INDEX=/home/.../hg38
cat config | while read id
do
arr=($id)
fq1=${arr[1]}
fq2=${arr[2]}
sample=${arr[0]}
bwa mem -t 5 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumia" $INDEX $fq1 $fq2 | samtools sort -@ 5 -o $sample.bam -
done
17、解压tar.gz
tar -zxvf file
18、解压.gz（删除压缩文件）
gzip -d file
批量压缩（删除原文件）
gzip *
19、conda第一次建立环境后激活
conda create -n rnaseq
source activate rnaseq
conda activate rnaseq
20、去除文件的全部双引号、单引号
##双引号
sed -i 's/"//g' tmp.bed
##单引号
sed -i $'s/\'//g' tmp.bed
##；
sed -i 's/;//g' tmp.bed
s表示替换，\%就表示百分号，s/\%//将％替换为空，最后的g标志表示全部替换
21、批量.sra转.fq.gz
for id in *sra
do
echo $id
fastq-dump --gzip --split-3 $id
done
