学习小组Day3------Lisa

激活conda:source ~/.bashrc

再输入：conda

出现以下界面说明激活成功：

激活成功

查看自己的版本：

uname -a

前面的一些准备工作就不赘述了，现在直接开始使用conda

1、查看当前所有软件列表 conda list

image.png

2. 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】

用conda搜索fastqc

3. 用conda安装软件 fastqc -y

命令：conda install fastqc -y
加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -

下载界面

4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

下载成功之后移除fastqc -y

5、查看当前conda有哪些环境 conda info --envs (前面带*的就是默认的)

可以看到，我们目前就一个conda环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。

创建ran-seq的conda环境成功

但是发现，默认还是base

• 我们该激活新的conda环境了

conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）

From:生信星球学习小组第43期
公众号：生信星球

今天终于完成学习任务了，实在是_{颠覆我的可视化传统观念，哈哈}
继续学习，加油_Fighting~