ggplot集锦

clusterprofier提取子集可视化

2023-03-15  本文已影响0人  可能性之兽

想偷个懒,不想自己用ggplot生成,想直接用dotplot可视化自己选择的一些通路,如果直接进行提取的话可能会有问题,生成的是dataframe,dataframe不能直接被用于enrichplot的dotplot,因此需要new一下继承

class(my_object)
[1] "enrichResult"
attr(,"package")
[1] "DOSE"
R3fu=read.csv("R3fu.csv") ## 里面有自己在excelx选择的通路
selected_pathways <- my_object[my_object$Description %in% R3fu$Description,]
enriched_result <- new("enrichResult", result = selected_pathways)
dotplot(enriched_result)
上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读