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如何绘制(如何解读)遗传家系图谱

2019-11-29  本文已影响0人  程凉皮儿

这半年收集了一个CHD的家系,因为要准备材料写病例报道,现在开始准备素材。那么先了解一下怎么解读遗传家系图谱
首先搜索然后得到如下结果:


(图片来源:临床遗传咨询_陆国辉2007译)

progeny网站的免费在线画家系图的工具

网址:https://www.progenygenetics.com/online-pedigree/
教程:https://mp.weixin.qq.com/s/_ZOWnO-G0FIxJg3xAl-L-Q

优点:免费,在线,操作简便,方便保存。
缺点:无携带者及单病谱系符号 ( ◑,●)。

点击“Begin Pedigree",有2种方式画家系图:Pedigree Builder 和 Draw Pedigree。
1.Pedigree Builder 是先建立好家系所有个体,得到家系图框架(当然后续也是可以再增加家系的),再进行患病情况等信息添加 ,比较适合大家系。(点击“Pedigree Builder”—系谱命名—确认先证者性别—增加先证者家系—进入家系图显示界面)
2.Draw Pedigree 就比较简单了,进入后直接是先证者往上三代框架,其他家系及患病等情况信息再添加,相对而言适合小家系。(点击“Draw Pedigree”—系谱命名—进入家系图显示界面)

HaploPainter

HaploPainter这个是个线下的软件,需要下载但无需安装。
下载网址:https://sourceforge.net/projects/haplopainter/
教程:http://qgenomics.org/?p=881
解压打开后是空白的,可以按照下图提示建立家系图。

优点:操作简便,软件占用内存较少,9.2MB。
缺点:无携带者符号(◑)。


很遗憾这个是不支持MAC OS的,我用win系统试过,可以拖拽还是比较好用的,但是看起来比较丑,颜控拒绝使用。

panogram

panogram这个是有在线的,但是网络限制了用不了,但是这个也有线下版
需下载使用
在线网址:http://panogram.github.io/panogram/
下载网址:https://github.com/panogram/panogram

优点:操作简便,有携带者符号。
缺点:患者符号颜色改不了,连接线小圈圈去不了。

亿图图示

有些系谱符号含义表达有问题,所以就不推荐了,比如这个菱形和三角形符号的含义就颠覆我的认知了。但是如果要用的话,就忽略符号含义吧。

下载网址:http://www.edrawsoft.cn/download-edrawmax.php
优点:含携带者符号。
缺点:操作繁琐,需下载安装,且软件较大,277 MB。

PPT

PPT也是可以画图的,还有各种自动对准提示。
优点:无需下载,电脑自带。
缺点:操作繁琐。

以上5种绘制家系图的软件,原推荐者比较青睐Free Online Pedigree Tool,HaploPainter和PPT,显性遗传疾病的家系图使用HaploPainter比较好,大家系的家系图使用Free Online Pedigree Tool,小家系的家系图使用PPT就OK了(可以保存一些系谱符号,便于后续使用)。

在他的BBS评论区我看到一个的网站推荐:rare.genomcan.cn,作者介绍登录后只需要录入家系信息,家系图会自动绘制,并且在后续做致病性位点过滤的时候家系图可以随时查看,但是这个只适合患者或其家属本人,于研究者不适用。

参考:https://bbs.genelinks.com/thread-1326-1-1.html

我个人倾向于用panogram。
这个软件是andrej-griniuk 5年前在GitHub上面发布的一个软件,支持WIN,MAC,LINUX三大系统
这款软件的在线版如果能打开GitHub也是可以使用的,但是用起来非常不方便。下载软件安装也是各种不能安装,需要管理员权限之类的,但是安装后还是很好用的。

重编辑(2019-12-3)

程良平自己的课题,如需转载请联系本人,谢谢!
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