学习小组Day3笔记--魏志辉

1. linux如何安装软件？

• 1--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”

• 2--第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。

• 3--第三步，安装和配置miniconda

• 4--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。

• 5--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

2. 准备工作

• 2.1 检查有没有bzip2

• 2.2 下载miniconda

• 2.3 安装miniconda

• 2.4 添加国内镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

3. 开始使用conda

• 3.1 查看当前所有软件列表 conda list

• 3.2 搜索软件 conda search fastqc

• 3.3 安装软件 conda install fastqc -y

• 3.4 卸载软件 conda remove fastqc -y

• 3.5 查看当前conda有哪些环境(conda info --envs)

• 3.6 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y）

• 3.7 激活新的conda环境（source activate rna-seq）

• 3.8 如何卸载一个环境中的软件

卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all