Day4-xiaode
Bioconda介绍
Bioconda是conda上一个分发生物信息的频道。而conda是最初为管理python包而建立的。以下是相关介绍：
“Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. ”
Bioconda主页：Using bioconda - Bioconda documentation
anaconda、miniconda和conda的区别：FAQs - Bioconda documentation
简单说来：“conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.”
Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。
安装必须软件
Demo示例
编译成书
Customize our bookdown
_bookdown.yml
_output.yml
基本规则
插入并引用图片(外部图片)
插入并引用表格(外部表格)
插入并引用表格(内部表格)
插入脚注
插入引文
准备Rmd文件
准备YML配置文件
其它定制
预览生成的WEB文件
References
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新，使用简单，值得拥有。
在Bookdown的官网，有很多免费的用bookdown写的R书籍，如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》，Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液体活检口袋书》，益辉的《R语言忍者秘笈》，《单细胞数据整体分析流程》https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html (初学单细胞分析可以完全照着这个，在学习过程中改进)。
还有很多基于Bookdown的教程，一时也想不起来，欢迎大家补充。我们前面转录组和R培训的教案也是用bookdown写作的，后续再调整下格式，出一批电子书和纸质书，有意向和需求的欢迎联系。
下面分2步讲述，自己如何构建一个Bookdown书籍，第一部分是通过bookdown示例了解其基本功能和使用，第二部分是个人在使用过程中碰到的问题和解决方式。
基本使用
安装必须软件
Rstudio或Pandoc二选一, bookdown必须安装。
Install Rstudio (version>1.0.0) (安装和使用见Rstudio)
Install Pandoc (version>1.17.0.2)或者参照here。如果系统新，可以直接使用系统自带的yum或apt-get；如果没有权限或系统比较老，Pandoc的安装可以使用conda，具体配置见Conda配置，配置好运行conda install -c conda-forge pandoc即可安装。
In R install.packages("bookdown")
Demo示例
克隆或下载https://github.com/rstudio/bookdown-demo示例文件，编译成功后，依葫芦画葫芦修改.
编译成书
运行下载的示例中的bash _build.sh，_book目录下就是成书.
The content of _build.sh is:
#!/bin/sh
Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook')"
# 生成pdf需要安装好latex，如果不需要可以注释掉
Rscript -e "bookdown::render_book(
