生信技能树总结1

2020-11-18 本文已影响0人 LDJ_60bd

wc test.bed 显示文件的行数，bytes数，字数
more test.bed 逐渐显示，空格键继续，q退出
less -S test.bed 或 less -SN test.bed 大写的S，整理好的显示文档信息--好用
ls -lh 显示当前所有文件夹内文件大小
grep H3K4me1 test.bed 据关键词抓取文档中某一行
cat -n test.bed | grep H3K4me1 管道将新生成的文档传给grep使用
cut -f 1 test.bed或 cut -f 1-3 test.bed 按列操作，告诉-f 取第几列，默认此时第二列是升序
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $0}' $0是显示全部，$ 1显示第一列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1":"$2","$3}'列之间的一些填充
效果图
sort -k2,2nr test.bed | cut -f 1-3 按第二列进行降序排列
echo $PATH | tr ':' '\n' 注tr是替换，
效果图
which fastqc软件位置
control + c强制终止某程序