生信log22|CGviewer升级啦-交互式操作画基因组Cir
2021-12-15 本文已影响0人
小周的万用胶囊
用Circos华丽地展现基因组信息，能给论文的锦上添花。很多做基因组分析的文章必有一个点就是展示基因组的圈图，目前的去比较好实现这种可视化的一般依靠perl语言（最原始的版本），R语言和
0、为什么要做圈图
- 唬人，华丽（不是）；
- 更好的展现基因组结构及想要突出的信息；
- 更好地展现基因组之间的差异和隐藏的信息；
1、圈图展示的信息
- 展现基因组的结构（正负链）
- 正负链上各自的编码序列，mRNA序列，tRNA序列
- 想突出的基因名称及所在位置
- 比较两个基因组
2、Circos展示基因组的基础例子
例子图一
基因组结构事例图二
3、准备文件
-
基因组文件
Fasta，gbk，gff文件（Prokka注释出来的） -
最好使用Genbank的文件，里面记录了基因的名称起始位点等等
Feature 文件（其实是网站特殊版本的gff文件，此处推荐subline文本编辑器共 5 列，列的顺序没有考究网站可以自动匹配对应名称的列，但是要严格按照网站对列进行命名，可大小写模糊，网站只识别下面的列名） -
Start: 基因起始位置
-
Stop: 基因结束位置
-
Type：编码序列的种类（CDS/mRNA/gene）
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Strand：记录正链还是负链的信息
-
Name：基因的名字
序列的位置信息，序列种类，名字均可以在gbk中找到
网站要求的feature文件
我们还可以在网站上手动添加feature
在网站上添加feature
操作界面
-
1、这是一个上传了fasta之后的基本操作界面，显示了基因组的骨架，和大小。
基本操作界面
-
2、添加track
track的添加
track的编辑
-
3、添加标题
标题的设置和位置的调整
-
4、调整骨架
隐藏骨架
骨架调整前
隐藏骨架后
是不是清爽多了呢
-
5、隐藏Label
Label隐藏前
、
Labels的隐藏
4、 网站可以做的程序
-
在网站上直接prokka注释，可以得到gff的文件（不会Prokka注释的小伙伴不担心）；
-
在网站上跟的序列做blast（还可以进行一定的筛选），两两之间的比较基因组学；
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计算GC%含量 （GC% content）；
-
计算GC偏移（GC% skew）；
评价
- 总体来说，足够傻瓜，新手友好；
- 能在网站上手动添加feature的信息；
- 美中不足 👉🏻还是不能像Circos这个可视化软件一样把多条基因序列堆叠起来，一次仅能展示一条基因组的信息；
- 不支持和弦图；
- feature文件的设定过于严谨；
- 个性化的设置依然受到限制；
- 开放阅读框显示的legend不分正负链（若是上传fasta文件就会有正负链各有三条信息）
- 基因组的展示效果欠佳；
- 网站经常要排队；
网站地址：
网站非常简洁易学好懂，入门门槛在文本数据的提取，将放在另外一篇日志记录
-
PS：未来会出一篇传统的Circos从基础文件准备
