autodock vina

下载地址

1、解压安装包
chomd +x vina
chomd +x vina_split
2、环境变量设置

autodock

export PATH=$PATH:/efs/software/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin
保存退出后
source ~/.bashrc

mgltools

下载地址（http://mgltools.scripps.edu/downloads/previous-releases/mgltools-1-5.4）

1、解压安装包

mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz进行解压，这里软件包是压缩与打包同时存在所以使用tar –zxvf 来解压解包。

tar -zxvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz

2、 运行安装

cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.6

./install.sh

安装完成之后会提示设置环境变量，选择合适你自己的系统的环境变量设置。

3、环境变量设置
在linux下面安装软件之后基本上都需要自己设置环境变量，将需要使用到的可执行文件夹加入到PATH中，将库文件加入到LD_LIBRARY_PATH 中，而头文件需要加入到 INCLUDE_PATH 中，帮助文件也称为MAN文件有的话也可以加入到MANPATH 中。这里需要将可执行文件夹路径加入到PATH中，同时需要调用设置好了的启动初始化脚本程序initMGLtools.sh 。当然这里和很多软件不同之处是需要设置别名，及使用一个名称调用的是对应的可执行文件。如这里的pmv调用的就是/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pmv 可执行文件。注意这里使用了单引号，单引号中间是无法设置变量调用的，所以一定要使用绝对路径。

vi ~/.bashrc

MGLTools

export PATH=/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH
alias pmv='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pmv'
alias adt='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/adt'
alias vision='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/vision'
alias pythonsh='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pythonsh'
source /efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/initMGLtools.sh
保存退出后
source ~/.bashrc

Raccoon

下载地址

image.png

报错
sudo apt-get install python3-tk
sudo apt-get install tk-dev

raccoon

alias raccoon='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pythonsh /efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/raccoon.py'
保存退出后
source ~/.bashrc