处理10x单细胞测序数据

10x单细胞测序数据回来后，我们可以用Cellranger软件处理

处理带有CITESEQ的单细胞数据：

cellranger count --id=xxx --transcriptome=ref path --libraries=xxx.lib.txt --feature-ref=xxx.barcoderef.csv

xxx.lib.txt的格式为：

fastqs,sample,library_type

xxx,X1,Gene Expression

...

xxx,C1,Antibody Capture

xxx.barcoderef.csv格式为：

id,name,read,pattern,sequence,feature_type

CITE-1,CITE-1,R2,NNNNNNNNNN(BC),CITESeq序列,Antibody Capture

注意查看官网说明，有可能在细节上有区别

后续R语言处理：

从cellranger结果文件夹中读取成稀疏矩阵形式：

library(Seurat)

Read10X("xxx")

探序列基因，生物信息解决方案