4.探寻腹主动脉瘤的关键基因

题目: Screening key genes for abdominal aortic aneurysm based on gene expression omnibus dataset

DOI: https://doi.org/10.1186/s12872-018-0766-8

数据集: GSE7084, GSE47472, GSE57691

样本:

GSE7084: 7 AAA, 8 normal
GSE47472: 14 AAA, 8 normal
GSE57691: 49 AAA, 10 normal

分析方法:

DEG: R语言(limma+metaMA, threshold: FDR<0.01)
Metascape software: GO和KEGG富集分析
BioGRID,Cytoscape: PPI
TRANSFAC: TFs in the human genome and the motifs of genomic binding sites
UCSC: the 2 KB sequence in the upstream promoter region of DEGs
IHC: 验证关键DEG
pROC package: 关键DEG的ROC曲线

文章数据:

1. 纳入分析的GEO数据集

   
   

2.前10的上下调差异基因

3. 前50的DEG热图

   
   

4.BP富集分析结果

5.MF富集分析结果

6.CC富集分析结果

7.前10的GO分析展示

8.KEGG富集分析

9.明显富集VSMC收缩通路展示

10.明显富集肿瘤信号通路展示

11.前20的转录因子网络

12.前5的转录因子及其靶向基因

13.前20DEG的PPI网络

14.在组织中通过IHC验证关键DEG的表达

15.几个关键DEG在诊断中的作用

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