qiime taxonomy出现CategoricalMetad

2020-06-23  本文已影响0人  yilunanxia

用silva V132进行物种分类,在进行过滤的时候可能会出现CategoricalMetadataColumn does not support values with leading or trailing whitespace characters之类的错误。实际原因是因为其中有空格导致程序报错,处理的方式如下:

参考来源:https://forum.qiime2.org/t/qiime-taxa-filter-table-leading-or-trailing-whitespace-characters/8678
qiime tools export \

    --input-path silva-132-99-taxonomy.qza \

    --output-path silva-132-99-taxonomy_spaces

qiime metadata tabulate \

    --m-input-file silva-132-99-taxonomy_spaces/taxonomy.tsv \

    --o-visualization taxonomy-as-metadata.qzv

qiime tools export \

    --input-path taxonomy-as-metadata.qzv \

    --output-path taxonomy-as-metadata

qiime tools import \

    –type ‘FeatureData[Taxonomy]’ \

    –input-path taxonomy-as-metadata/metadata.tsv \

    –output-path taxonomy-without-spaces.qza

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