入门单细胞数据分析，或许可以从这个数据库开始... | 单细胞数

2021-03-10 本文已影响0人尐尐呅

很多人都想学习生信数据分析，可是看到要掌握和学习Linux、Python、C语言、各种软件/工具包、算法...往往还未入门就已经被劝退了。

是否有对小白友好的入门方式？

与其从陌生的系统、语言、工具入门，不如试试从现成的数据库开始...CNGBdb新上线的单细胞组学平台（CDCP），就十分适合0代码基础小白入门单细胞数据分析。

目前，CDCP集成了CNGBdb平台的单细胞数据资源（包括6302个样本和321782个细胞），为用户提供单细胞数据分析、可视化、下载和递交功能。

# 要分析的数据是怎样的？

用户可通过CDCP首页展示的物种及器官分类信息快速找到相关数据，也可以通过Explore页面根据物种、组织、疾病、建库方式等条件搜索相关数据。下载并了解单细胞数据的一般格式、类型等。

CDCP浏览/搜索功能示例

# 单细胞数据的一般分析流程和常用分析工具有哪些？

CDCP已与生命大数据可信计算平台CODEPLOT连通，用户可通过CDCP首页导航栏的Analysis按钮进入CODEPLOT，了解单细胞数据的一般分析流程及其参数，并可使用已部署的在线工具完成完整的单细胞数据分析流程。

CDCP分析功能示例

# 单细胞数据的分析结果是什么样的？

CDCP可对数据库中的数据资源进行可视化展示，包括tSNE细胞降维图、不同类型细胞聚类分析图、不同类型细胞数量柱状图，同时选择单个或多个表达基因还可展示基因在不同类型细胞中表达情况的聚类图和小提琴图等。

CDCP可视化功能示例

对于新手来说，通过CDCP的功能体验，可以快速掌握单细胞数据分析的一般套路，有了这个基础再去学习系统、代码、工具、算法就没那么困难并且会更有针对性。

用户可根据“Submission”页面的操作指引存储单细胞测序数据、表达矩阵、MM坐标矩阵、聚类文件等。

Submission页面

此外，CDCP还提供了其他单细胞数据库的入口方便用户使用。

其他单细胞数据库入口

首发公号：国家基因库大数据平台