R语言微生物组统计分析

示例数据

2020-08-09  本文已影响0人  ZMQ要加油呀

我们将使用Wagner等人的数据。(2016),一项研究植物年龄,基因型和环境对芥菜科多年生草本植物Boechera stricta细菌微生物组的影响的研究。Wagner等。(2016)发布了他们的原始数据与文章。

样本元数据

一个表格,每一行都有一个样本,每一列都有有关样本的信息,例如植物的基因型和田间地点。这是一个170Kb 制表符分隔的文本文件

SMD.txt

OTU丰度表

它具有与每个样本中每个OTU关联的读取次数。这是一个6Mb的压缩制表符分隔的文本文件。

otuTable97.txt.bz2

OTU分类文件

它具有每个OTU 的分类分类。它是一个6Mb制表符分隔的文本文件。

taxAssignments97.txt

参考资料

Wagner,Maggie R,Derek S Lundberg,G Tijana,Susannah G Tringe,Jeffery L Dangl和Thomas Mitchell-Olds。2016年。“寄主基因型和年龄决定了野生多年生植物的叶片和根微生物群落。” Nature Communications 7. Nature Publishing Group:12151。doi:10.1038 / ncomms12151

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