16S测序分析(四)用MaAsLin寻找组间差异细菌
2019-11-07 本文已影响0人
胡童远
导读
MaAsLin(Multivariate Analysis by Linear Models,多变量线性回归模型)
功能:相关性分析
特点:多表型同时分析,矫正协变量
数据输入:表型,微生物群丰度或功能
数据类型:连续型,布尔型(二分类型),离散型
数据要求:矫正到1
MaAsLin在线工具地址:https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
一、输入数据
图片.png格式应如下:
二、数据上传
图片.png 图片.png上传方法同上一篇LEfSe,如下:
三、MaAsLin分析
图片.png点点点,一键执行。
四、分析结果
在右侧的数据栏中双击分析结果,保存,结果文件如下:
一个变量产生一个结果文件(仅介绍内容,数据与前面有不同)
其中output-biplot.pdf是结果汇总图,由NMDS结合回归拟合分析得到
图片.png打开其中一个文件,内容格式如下:
第一列:变量名
第二列:菌名称
第三列:回归系数
分类变量(+:组内>对照;-:对照>组内)
连续变量(+:正相关;-:负相关)
第四列:样本数
第五列:非0样本数
第六列:P值
第七列:多重矫正后P值
相关阅读:
16S测序分析(一)菌属丰度表获取
16S测序分析(二)菌群多样性分析
16S测序分析(三)用LEfSe寻找组间差异细菌
16S测序分析(四)用MaAsLin寻找组间差异细菌
16S测序分析(五)用RandomForest寻找关键细菌
16S测序分析(六)用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路