Cytoscape初学小白到论文投稿-基础篇

最近在写一篇论文，发现Cytoscape这个软件在文献里面用来生信分析的频率非常高，之前在论文里面看到都果断放弃了，觉得看起来就很复杂，自己不想学。可是，现在论文的数据必须要用到这个，于是，就开始着手学，学了差不多有一个星期，论文已经写完了，用这个软件做出来的图果然看起来就是很高大上的样子。

 Cytoscape简介

1. Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。

2. Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，可以进行GO和KEGG功能注释信息，并对其进行可视化，主要就是进行可视化，我们目前最主要的分析主要是PPI网络的制作以及GO和KEGG在论文中的一个可视化呈现，学会作图可以使论文档次提升不少，而且还有利于论文数据分析和挖掘。

 Cytoscape软件下载以及安装

第一次下载软件需要到官网进行简单的注册，根据提示操作就可以了

 Cytoscape软件主要界面，大概就是这个样子

我们可能在作图的过程中重点会用到”Style“这个里面的设置内容，包括图形的大小，节点的形状，线的粗细，以及对某部分特征值进行修改，比如（log2FC,用节点颜色来直观地呈现表示基因上下调的情况，亦或是用线的粗细或者颜色深浅来表示PPI蛋白之间互作关系的强弱）