ubuntu~20.04安装R4.0和Rstudio的失败过程

使用安装命令

sudo apt-get install r-base

我这边安装的是3.6，我这边想把版本升级到4.0

参考公众号 生信技能树 的推文 为什么网页版Rstudio登陆总是失败

运行如下命令

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
sudo apt update
sudo apt install r-base

运行最后一条命令的时候遇到报错

r-base-core : Depends: libicu63 (>= 63.1-1~) but it is not installable
               Depends: libreadline8 (>= 6.0) but it is not installable
               Recommends: r-recommended but it is not going to be installed
               Recommends: r-base-dev but it is not going to be installed
               Recommends: r-doc-html but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

运行安装命令

sudo apt-get install r-base r-base-core r-recommended

会遇到报错

r-base-core : Depends: libicu63 (>= 63.1-1~) but it is not installable
               Depends: libreadline8 (>= 6.0) but it is not installable
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

使用命令

sudo apt-get install libc6 libcurl4 libicu60-dev libreadline7

也会遇到报错，这步的报错信息忘记记录了

在这个参考链接找到一个办法是手动安装 libreadline7 和 libicu60
https://askubuntu.com/questions/1236377/unable-to-reinstall-missing-package-after-update-to-20-04

wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/i/icu/libicu60_60.2-3ubuntu3.1_amd64.deb
sudo dpkg -i libicu60_60.2-3ubuntu3.1_amd64.deb
wget http://kr.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/r/readline/libreadline7_7.0-3_amd64.deb
sudo dpkg -i libreadline7_7.0-3_amd64.deb

这两个依赖的东西就安装好了

接下来再运行

sudo apt-get install r-base r-base-core r-recommended

就成功了

删除之前安装的 r3.6

sudo apt-get autoremove r-base-core

接下来安装Rstudio就可以了

sudo apt install gdebi-core
# Install for Debian 10 / Ubuntu 18 / Ubuntu 20
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.4.1103-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.4.1103-amd64.deb

默认是自己启动，Rstudio的默认端口是 8787

我之前在R里安装R包，直接就是install.packages("packagesname")

这次我安装ggplot2的时候

install.packages("ggplot2")

他只安装ggplot2这一个包，其他的就不安装，所以就会失败

在命令里多加两个参数

install.packages("ggplot2",
                 dependencies=T,
                 repos = "https://cloud.r-project.org")

这样虽然能够安装一些依赖，最后还是失败了，暂时还搞不懂原因，有时间再来尝试吧

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