ggplot2画SNPs在染色体中的分布

如果想找到的功能SNPs在染色体上的展现出来分布，可以用ggplot2用一下的方式画出来（如果SNPs很少的话估计没效果）：

as <- read.table('~/snps.txt', header = T)
as$chr <- factor(as$chr, c(as.character(seq(1,22)),'X'))
ggplot() + 
geom_point(data = as, aes(x= chr, y=pos/1000000), color = '#B15BFF', shape = 95, size = 5, alpha = 0.2) + 
labs(title = 'Distribution of SNPs across all chromosome', x = 'Chromosome', y = 'Chromosomal Position(Mb)')  + 
theme_bw() + 
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), plot.subtitle = element_text(hjust = 0.5)) + 
guides(color = guide_legend(title = FALSE)) 

这里是用点图来实现的，geom_point()中点的形状shape=95时，就是线的形状。然后将所在位置转为高度，将其除以1000000更方便的在图中展现出来。

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