简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值
2020-11-27 本文已影响0人
只看不写_nathan
GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。
GWAS我也做了很多了，经常有朋友问我，GWAS阈值如何确定的问题，其实这个问题很简单，基本上都是以Genetic Type I error方法计算独立的SNP即SNP（Me），然后以显著水平除以这个数就可以了。那么问题来了，独立的SNP怎么算呢？下面这个软件可以轻松快速上手：
Genetic type 1 E rror C alculator (GEC)是Miao-Xin Li老师写的软件，基于java，无需编译直接使用，操作很简单
#软件支持很多格式，我以我最常用的plink进行展示
java -jar /public/home/hguo/packages/gec/gec.jar -Xmx1g --effect-number --plink-binary gwas_all_chr.filter --genome --out ./leaf
#没错就这么简单，这个软件会把SNP 阈值以及SNP（Me）都算出来，也支持算某些区域的
基本上就这样，五分钟写一个帖子
