单细胞打分-scgmt

2024-07-28  本文已影响0人  oceanandshore

先说结论:首推UCell、其次是AddModuleScore.

考虑到单细胞打分的情况,最理想的状态应该是一种运行时间快、计算资源消耗小,不受seed和纳入细胞数的影响(即每个细胞打分是相对独立的),此外最好能适配seurat的对象。目前适配seurat对象的方法是UCell和AddModuleScore。


image.png

-转自 单细胞基因集合打分方法-T01-横向测评

=================以上为背景=================

同样是这个老哥,把这些打分软件集成在一起了。

- 单细胞基因集合打分方法-F01-可视化

注意:scgmt目前无法适配SeuratV5对象,后期会识别并适配SeuratV5对象,不过返回的结果是SeuratV4对象。

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