1.脑部多发性硬化的关键基因及通路的数据挖掘
2019-07-06 本文已影响47人
D2聚体
题目: Identification of key target genes and biological pathways in multiple sclerosis brains using microarray data obtained from the Gene Expression Omnibus database
DOI:https://doi.org/10.1080/01616412.2018.1497253
数据集: GSE38010
样本:
5个疾病组,2个正常组织
分析方法:
R语言: CEL, Affy包;DEG,limma包(p<0.05和logFC绝对值大于1)
DAVID: GO和KEGG富集分析
STRING: PPI网络
文章数据:
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LogFC排列前10的上调与下调差异基因
C: 火山图或热图会更漂亮?
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排列前15的GO富集情况
C: 气泡图?
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表格呈现排列前15的GO富集数据
4.排列前5的KEGG信号通路富集情况
5.PPI网络分析前10的基因(hub基因)
6.排列前3的PPI网络 modules