文章套路随笔-生活工作点滴科研信息学

1.脑部多发性硬化的关键基因及通路的数据挖掘

2019-07-06  本文已影响47人  D2聚体
题目: Identification of key target genes and biological pathways in multiple sclerosis brains using microarray data obtained from the Gene Expression Omnibus database
DOI:https://doi.org/10.1080/01616412.2018.1497253
数据集: GSE38010
样本:

5个疾病组,2个正常组织

分析方法:

R语言: CEL, Affy包;DEG,limma包(p<0.05和logFC绝对值大于1)
DAVID: GO和KEGG富集分析
STRING: PPI网络

文章数据:
  1. LogFC排列前10的上调与下调差异基因



    C: 火山图或热图会更漂亮?

  2. 排列前15的GO富集情况



    C: 气泡图?

  3. 表格呈现排列前15的GO富集数据




    4.排列前5的KEGG信号通路富集情况




    5.PPI网络分析前10的基因(hub基因)

    6.排列前3的PPI网络 modules



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