软件安装系列：R中从github上安装 seurat-wrapp

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公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：

Topic 6. 克隆进化之 Canopy

Topic 7. 克隆进化之 Cardelino

Topic 8. 克隆进化之 RobustClone

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger

SCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取

SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析 (Seurat 4.0)

SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析 (scater)

SCS【6】单细胞转录组之细胞类型自动注释 (SingleR)

SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)

SCS【10】单细胞转录组之差异表达分析 (Monocle 3)

SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)

SCS【12】单细胞转录组之评估不同单细胞亚群的分化潜能 (Cytotrace)

SCS【13】单细胞转录组之识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)

SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)

SCS【15】细胞交互：受体-配体及其相互作用的细胞通讯数据库 (CellPhoneDB)

SCS【16】从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化 (inferCNV)

SCS【17】从单细胞转录组推断肿瘤的CNV和亚克隆 (copyKAT)

SCS【18】细胞交互：受体-配体及其相互作用的细胞通讯数据库 (iTALK)

SCS【19】单细胞自动注释细胞类型 (Symphony)

SCS【20】单细胞数据估计组织中细胞类型(Music)

从github上安装软件包 seurat-wrappers 报错：

remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers", "seurat5")Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:  HTTP error 403.  API rate limit exceeded for 175.29.122.76. (But here's the good news: Authenticated requests get a higher rate limit. Check out the documentation for more details.)  Rate limit remaining: 0/60  Rate limit reset at: 2023-04-10 03:33:21 UTC  To increase your GitHub API rate limit  - Use `usethis::create_github_token()` to create a Personal Access Token.  - Use `usethis::edit_r_environ()` and add the token as `GITHUB_PAT`.

解决办法：

1. 在 github 上注册账号：Sign in to GitHub · GitHub

2. 制备 github token

申请个人github账号，如果已经有账号登入就行，点击右上角个人图像，进去后点击下拉菜单中的settings。

3. 进去settings 后点击最下面的Developer settings

4. 点击Person access tokens, 点击右上角的Generate new token, 建立新的token

5. 首先命名你的token，可以随意写。然后选择token失效的时间，如果担心密码泄漏，可以选30天，30天后失效需要重新设置。我选的永久。最后勾选repo，token用于下载github上的代码仓库。点击generate token。

6. token 制备好了，记得拷贝形成的token密码，因为只出现一次，拷贝下来保存在记事本或者word中后续备用。

7. 在r中把token设置在环境变量中

打开rstudio 或者r，输入 usethis::edit_r_environ()，运行，弹出对话框。

usethis::edit_r_environ()

这个token是手输入的，可能不准确，实际使用中拷贝过去即可。保存，或者ctrl+s. 关闭r或者rstudio。

8. 重新打开rstudio，一定要关闭后重新打开，不然环境变量没加进去。重新安装发现可以正常安装。

其他的 R 软件包如果无法直接安装，通过这个方式尝试一下吧！

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