BLAST（序列相似性快速搜索工具）
2020-04-06 本文已影响0人
Han_zh
1. 什么是BLAST？
- BLAST的全称是Basic Local Alignment Search Tool（基本的局部比对搜索工具），基于一种局部最优的比对策略。
- BLAST是生命科学研究中常用的一套在核苷酸数据库或蛋白质数据库中进行序列相似性比对的一套分析工具
- BLAST算法是启发式算法。首先将query序列打断成子片段，称之为seed words，然后将seed与预先索引好的序列进行比对，选择seed连续打分较高的位置采用动态规划算法进行延伸，延伸过程也会进行打分，当打分低于某一限度这一延伸过程就会被终止抛弃，最后产生了一系列的高得分序列。最后还要使用E-value对其显著性进行评估，选出比对结果最好的序列。
- BLAST分为在线BLAST和本地化BLAST
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2. BLAST程序类型
BLAST实际上是综合在一起的一组工具的统称，它不仅可用于直接对蛋白质数据库和核酸数据库进行搜索，而且可以将待搜索的核酸序列翻译成蛋白质序列后再进行搜索，或者反之，以提高搜索效率。因此 BLAST可以分为 BLASTp、 BLASTn、 BLASTx、 tBLASTn、tBLASTx。
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3.BLAST 比对结果解读
实际应用中主要看E-value（E值越小越好），同时要求Score大于一定值。
图片来自MOOC
