TF-DEG网络构建

参考：https://www.jianshu.com/p/3b9eee8c31cc
优雅R：「Workshop」第三十三期 用iRegulon进行主转录因子的预测
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打开网站https://www.networkanalyst.ca/home.xhtml
点击gene list input，选择物种为人，ID type为entrez ID。
注意这里涉及到基因名和entrez ID的转换，代码如下：

library(org.Hs.eg.db)
hs <- org.Hs.eg.db
my.symbols <- c("gene1", "gene2")
select(hs, 
       keys = my.symbols,
       columns = c("ENTREZID", "SYMBOL"),
       keytype = "SYMBOL")

image.png

点击上传、下一步，选择TF-gene interaction：

image.png

这里选择steiner forest network：

image.png

再点击下一步，最后下载sif文件：

image.png

将subnetwork1.sif导入cytoscape（network from file），将subnetwork1_Types.NA重新整理成一个两列的文件，第一列为基因名，第二列为属性（基因or转录因子）：

image.png
然后将这个文件导入cytoscape（table from file），最后调整网络属性即可。
几个小tips：

1.在edge里，把线的宽度和透明度选小一点。
2.将名字调整到图形外，这个可以在node-label position里面调。

image.png