在线作图丨差异分析——在线做Stamp分析

Q1：什么是RDA分析？
Stamp软件是一款用于组间差异分析的软件，适用于多种类型的组间差异分析，比如物种分布及丰度差异、基因差异、功能差异等等。该软件2014年发表于Bioinformatics，几乎适用于所有的组间差异分析，目前已被引用数百次。TUTU网站提供Stamp分析工具的在线分析功能，无需安装软件即可实现组间差异可视化。示例：The two runs showed similar trends, with CNSL feeding increasing the lipid, carbohydrate and vitamin metabolisms. However, these differences became significant (P < 0.01) only in Run 2 at the higher CNSL dose (Fig).参考文献：Network analysis and functional estimation of the microbiome reveal the effects of cashew nut shell liquid feeding on methanogen behaviour in the rumen。

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Q2：如何不使用R语言进行Stamp分析？
云图图（www.cloudtutu.com），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，不必注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到Stamp分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的Stamp分析图喽~
话不多说，我们开始行动吧~

Step 1 上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物OTU表、物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；
b)表格需要带表头和列名，第一行为样本名，第一列为各种指标名（如OTUID，genus等）。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

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Step 2 设置参数

2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称和样品名称。不填写分组信息无法运算！

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2.2 筛选显示种类：按需自行选择要用的样本进行作图

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2.3 选择比较组：对比的两个组，如A、Aa
2.4 qvalue值：0.05、0.01两种值选择

2.5 颜色选择：左右两个色系分别对应两个比对组的填充颜色

Step 3 下载文件
根据个人需求进行参数调整后点击运行后等待5-10秒即可下载结果，平台提供PDF格式的矢量图下载，表格文件可用于后续分析。

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Step 4 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape或AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编微信获取。下载表格文件可以用于后续分析。

结果说明
以物种差异分析Stamp分析结果为例：左侧为柱状图，显示两组间的数值差异（如物种丰度差异）。右侧为点棒图，显示两组间的物种分别在两组样本中所有物种的百分比。

写作建议

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Other metabolisms related to feed degradation and important metabolisms for cattle nutrients are summarized in Figure 4C. This prediction indicates that CNSL feeding might activate the metabolism of starches (P < 0.01), including cellulose, and the metabolism and biosynthesis of fatty acids, including propionate or butyrate (P < 0.05). In regard to the metabolism of amino acids, the effect of the CNSL feeding differed among the amino acid species. Histidine (P < 0.01) and tryptophan (P < 0.05) metabolism appeared to be suppressed by the CNSL feeding, whereas the phenylalanine, cysteine, methionine and tyrosine metabolisms were activated (P < 0.01). （参考文献：Network analysis and functional estimation of the microbiome reveal the effects of cashew nut shell liquid feeding on methanogen behaviour in the rumen）