蛋白组学生物信息资源列表

前言

在工业界，天天做着重复的简单工作，已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心，对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间，也没兴趣看文献，不能掌握第一手资料，只能在网上找找已有的信息，随便翻翻大佬的博客，看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态，有助于对知识的思考和业务水平的提升。

工具包

Bioconductor workflow：
关于蛋白组的内容并不多，目前只有proteomics这一个workflow。我暂时还没用过。
https://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/html/proteomics.html

image.png

Github：
Github上topics以mass-spectrometry为关键词搜索结果（按标星排序）：
https://github.com/topics/mass-spectrometry

以proteomics为关键词搜索结果：
https://github.com/topics/proteomics

有一个RforProteomics的R包专用统计了蛋白质组学数据分析的包，并进行可视化展示。

可以看出，相比于基因组学，蛋白组和代谢组流行的包实在太少了。后期我会从中选择几个感兴趣的工具试用下，如果好用再学习源码。

大佬Lab

• 瑞士苏黎世联邦理工大学（ETH）Ruedi Aebersold团队
  https://imsb.ethz.ch/research/aebersold.html
  看看他们发的文章、软件，里面还有不少东西可挖，比如DIA视频课程：http://dia-swath-course.ethz.ch/videos.html

• 德国马普研究所Matthias Mann团队
  https://www.biochem.mpg.de/en/rd/mann
  https://www.cpr.ku.dk/research/proteomics/mann-group/

• 德国马普研究所Juergen Cox团队
  https://www.biochem.mpg.de/en/rg/cox
  因MaxQuant和Perseus有名。

• 比利时根特大学系统生物学团队（Computational Omics and Systems Biology Group）
  这个团队生信很强，开发了不少软件，其中包括宏蛋白组学的研究。
  https://www.compomics.com/

• 中国科学院pFind团队
  https://github.com/pFindStudio
  http://pfind.ict.ac.cn/
  p系列软件开发。

• 美国贝勒医学院章冰团队
  http://www.zhang-lab.org/
  https://github.com/bzhanglab

• 耶鲁大学刘延盛团队
  https://www.yslproteomics.org/

• 西湖大学郭天南团队
  http://www.guomics.com/

会议

• 中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP）
  http://cncp.ict.ac.cn/2018/index.html
  中国计算蛋白质组学会议是pFind团队主办的小型会议，算是集结了中国蛋白组生信力量。从2010年开始，会议每两年举办一次，目前已举办了五届。稍微看了下往届的安排、主题、内容和文化，感觉挺好的。希望今年有机会参加上海的会议。里面有部分公开的视频和课件，虽然是几年前的东西，感觉还不过时（可能是质谱技术发展受限的缘故吧），可挑取自己感兴趣的内容，仔细看看，收获会有不少。

• 国际蛋白质组学大会，HUPO（Human Proteome Organisation）
  https://hupo.org/
  历届会议资料：https://hupo.org/HUPO-Congresses
  偏学术。看看就行，不评价。

• 中国蛋白质组学大会，CNHUPO（China Human Proteome Organization）
  偏科研应用，貌似没官网。

• 美国质谱学会，ASMS（American Society for Mass Spectrometry）
  https://asms.org
  历届会议资料：https://www.asms.org/conferences/annual-conference/past-annual-conferences
  偏应用。看看就行，不评价。

后记

以上列出的只是一个引子，真正想了解内容还是需要自己去深挖，找到某个感兴趣的工具或问题，不断延展学习。切勿收藏不看。