RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换

进入NCBI官网后选择GEO，输入GSE183976，进入数据下载页面。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE183976

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点击SRA Run Select选项，进入fastq数据下载页面。
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进来后我们可以看到很多的样本和它们对应的原始数据。
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由于数据太大，这里只下载第一个进行演示。下载的话我们可以用sra-tools中的 prefetch命令。

prefetch SRR15859344 &

如果需要一次需要下载多个数据的话可以下载

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这个文件里面有所有的文件ID号

cat SRR_Acc_List.txt | while read id;do (prefetch ${id});done

也可以自己写个脚本进行下载。

或者我们也可以点击那个样本名后，进入下面的页面用wget直接进行下载

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其实也可以用迅雷直接下载的，速度很快，我一般就直接在这里用迅雷下载……

二、数据转换：SRA文件转换为fastq文件

ls /public/project/RNA/sra/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ ${id} &); done

这样我们就下好数据并转换为fastq文件了，并用于下面的数据分析。

RNA-seq入门

RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

RNA-seq入门（三）比对、输出表达矩阵