boxplot、barplot-summary

一如既往的碎碎念：

相处了三个月的小伙伴走了，留下我们，又是一顿唏嘘；
成年后的相识都是这样，一转身就是一辈子，几乎是不会再见了；
前段时间看过这样的一句话：好像一个不怕颗粒无收的少年，共勉；

boxplot概念

• 利用数据中的五个统计量：最小值（Q1-1.5(IQR)）、第一四分位数（ Q1）、中位数（Q2）、第三四分位数（Q3）与最大值(Q3+1.5(IQR))来描述数据的一种方法。

  
  

• IQR即Q3-Q1;

• 超出maximum（inner fence）和minimum（outer fence）的即outlier；

barplot-method1

#####这里加载了ggpubr，加载了ggplot2，以及我想用的stat_compare_means;
library(ggpubr)
data("ToothGrowth")
test1 <- ToothGrowth
head(test1)
#ggplot2
p1 <- ggplot(test1,aes(x = supp, y = len,color = supp )) + ylim(0,45)+
       geom_boxplot()
my_comparisons <- list(c('OJ','VC'))
p1
p1+stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method = 't.test')

参数功能说明：

• comparison设置比较的对象，需要用list格式；

• stat_compare_means可以设置检验的方式；

  
  method1

barplot-method2

####ToothGrowth是内置数据集
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
my_comparisons <- list(c('0.5','1'),c('0.5','2'),c('2','1'))
p <- ggboxplot(df, x = "dose", y = "len",
               add=c('median_iqr'),
               add.params = list(size=0.5),
               fill = "dose",
               bxp.errorbar = T)+
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,label.y=c(35,45,50))
###通过ggpar可以对上面的结果p进行调整
ggpar(p,
      ylim=c(0,60),
      xlab='dose',
      ylab='len',
      legend = "right",
      legend.title = "Dose (mg)")

参数功能说明：

• 依据自己的需要，选择add中的mean_se、median_iqr等；
• bxp.errorbar（T/F）设置是否展示箱线图的误差线；

• 通过ggpar可以对ggboxplot的结果进行调整；

  
  method2

barplot-part1 数据准备

library(ggplot2)
data("ToothGrowth")
test1 <- ToothGrowth
head(test1)
library(plyr)
tgc <- ddply(test1, .(supp, dose), summarize,
             mean = round(mean(len), 6),
             sd = round(sd(len), 6),
             se = round(sd(len)/sqrt(length(len)),6))
p_value<- ddply(test1,.(dose),summarize,
      p= round(t.test(len~supp)[[3]],4))

参数功能说明：

ddply(.data, .variables, .fun = NULL, ..., .progress = "none",
  .inform = FALSE, .drop = TRUE, .parallel = FALSE, .paropts = NULL)

• ddply（依据.variables）对数据框进行分组，将.fun作用于各个分组，并返回作用结果；
• summarize是一个对结果总结的函数，可返回一个数据框的结果；
• errorbar可采用sd（标准差）、se（标准误/标准误差）、置信区间的计算结果；

barplot-part2 绘图

p<- ggplot(tgc, aes(x=dose, y=mean, fill=supp)) + 
  geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity") +
  geom_errorbar(aes(ymin=mean-se, ymax=mean+se),
                width=.2,                   
                position=position_dodge(.4))+xlab('dose')+ylab('len')
p+ annotate("text", x = 0.5, y = 18, label = p_value$p[1]) +
  annotate("text", x = 1.0, y = 27, label = p_value$p[2]) +
  annotate("text", x = 2.0, y = 30, label = "ns")+
  geom_segment(aes(x=0.4, y=16, xend=0.6, yend=16))+
  geom_segment(aes(x=0.4, y=15, xend=0.4, yend=16))+
  geom_segment(aes(x=0.6, y=15, xend=0.6, yend=16))

参数功能说明：

• annotate进行p值的书写；
• geom_segment进行相比较的组的连接（通过在x、y轴方向画线达到目的），这里只对左边第一个组进行了设置；
  barplot
  【参考内容】
  1.https://www.shixiangwang.top/post/ggpubr-add-pvalue-and-siglevels/
  2.http://www.cookbook-r.com/Graphs/Plotting_means_and_error_bars_(ggplot2)/
  3.https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_segment.html
  4.https://www.cnblogs.com/nxld/p/6059603.html
  5.http://www.omicsclass.com/article/474