【百篇>>生信】01.ROS评分+乳腺癌|2022

看文献偶然发现一位大神，简直是行走的SCI机器。下面就来逐渐学习下这位大神的文章。

首先来学习这篇近期发在预印本上的生信文章：
题目：Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer

1.整体思路

2.结果解读

2.1 高ROS评分与细胞增殖和肿瘤前通路

作者通过GSVA方法计算ROS评分，再根据ROS score分为高低两组，再进行GSEA分析。

Fig.1

2.2高ROS评分与免疫相关通路有关

肿瘤分为肿瘤及其周围环境，作者巧妙的利用GSE75688单细胞基因集，说明ROS score主要是在肿瘤细胞中产生。随后再次用GSEA分析结果说明高ROS评分与免疫通路相关。（与热点联系！！！）

Fig.2

2.3高ROS评分与免疫细胞浸润+CYT有关

既然ROS评分与免疫通路有关，那么与免疫细胞浸润是不是有关呢?
带着这个问题，作者用xCell方法探讨了ROS评分与免疫细胞浸润之间的关系，稍带着看了下其与CYT之间的关系。

Fig.4

2.4 高ROS评分与肿瘤新抗原关系

肿瘤新抗原对肿瘤治疗的指导意义比较大，那么具体跟ROS评分之间的关系如何？
作者随后探讨了他们之间的关系。

Fig.5

2.5 ROS评分与临床特征

上面已经表明ROS评分很重要，从临床的角度又会是怎么样？作者随后将TNM、分型和预后联系起来，再次说明ROS评分很重要。

Fig.6
Fig.7

3.感悟

本文提取Hallmark中的ROS评分，区分高低两组，然后一顿操作说明ROS评分与肿瘤细胞增殖、免疫、不良预后密切相关，我们需要特别重视ROS评分，就这样啦。
怎么说呢，整体文章比较干，如果有点湿实验的会不会更好一点？那到底怎么验证呢？如果有好的验证思路，也可以一起交流交流。
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参考链接：
Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer