再回顾一下R的一些常识：
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框
（7）理解所学的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

今天学习主题：数据结构

1.向量

• 标量和向量
  标量：一个元素组成的变量
  向量：多个元素组成的变量
  元素：数字或者字符串（用chr表示）

  
  图源生信星球.png

x<- c(1,2,3) ：常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<- 1:10：从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5)：1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) ：1-3 重复2次
注：若依次给同一个变量赋值只会覆盖上一次，以最后一次为结果。

• .从向量中提取元素

根据元素位置
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

2.数据框

新建txt文件--必须保存在工作目录下！（习惯性地每次新建一个Rproject，见day4的学习内容）

可以查看新建的文件列表存在于工作目录

• sep：字段分隔符。文件每一行上的值都用此字符分隔。 如果sep =“”（read.table的默认设置），则分隔符为“空白”，即一个或多个空格，制表符，换行符或回车符。
• header：一个逻辑值。指示文件是否包含变量名称作为其第一行。 如果丢失，则从文件格式确定该值：当且仅当第一行包含的字段少于列数时，标头设置为TRUE（T）。

1）读取本地数据

read.table（）
read.csv（）CSV （逗号分隔值文件格式）
R语言对于导入的格式要求非常严格，可以说是不灵活的；简而言之就是更希望的是格式在外部编辑好再导入。不管是逗号格式（如doudou.txt）还是空格格式（如huahua.txt），都可以成为read.table()和read.csv()的数据源，read.table()严格要求所有列都对等，而read.csv()并不要求，后者会按最大列，或指定的列数填充，空串可指定相应的字符或数字填充。
例如：

两种格式
分别使用两种命令显示
但是还是不太懂该用哪个。。。。搜了篇帖R语言读CSV、txt文件方式以及read.table read.csv 和re..._CSDN博客 读取文件（这里sep分隔符为空格才行？？），再赋予变量

2）设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') ：在示例数据里有doudou.txt ，注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) ：查看列名

rownames(X)：查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

colnames(X)[1]<-"bioplanet"：有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)：最后row.names的意思是修改第一列为行名

（其实我们这个数据框并不需要改，如果你已经改了，知道怎么撤销吗？用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉你刚才改瞎的了。这也就是变量为什么叫"变"量）

3）数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)：分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）【导出名为yu.txt的文件自动保存在工作目录】

4）变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")：保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")：保存其中一个变量
load("test.RData")：再次使用RData时的加载命令

5）提取元素

X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

示例

6）直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图：

a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))
 plot(a$case,a$values

注：这里的case和values是两个单纯的列名；$引用，表示提取变量结果（感觉就像excel里的函数都是引用目的）

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回答一个问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？
答：X这个变量不存在，可能是没有赋值吧

总结

数据类型.png

心得：今天的内容操作倒是不难，但是要理解还是要花点功夫。每一个函数单独搜倒是能知道怎么用，但是还有那么多符号，感觉有点头大啊（学excel就没把函数记住的脑子心累累）。一点收获，注意数据文件的保存格式和读取格式还比较重要的。