还在为生信分析发愁？这个软件一jian搞定

Funrich是一个独立的软件工具，主要用于基因和蛋白质的功能丰富和相互作用网络分析。此外，分析结果可以以Venn，Bar，Column，Pie和Donut图表的形式进行图形化描述。

目前，Funrich工具被设计用来处理各种基因/蛋白质数据集。用户不仅可以对默认的后台数据库进行搜索，还可以加载定制的数据库，对其进行功能丰富分析。

总的来说，Funrich工具拥有三个不同的数据库选项，可以对其进行分析。在Funrich中，为用户提供了三个管理后端数据库的选项：

提供了一个仅供人使用的数据库，网站的手稿和常见问题部分都清楚地提供了组装细节；

用户可以从uniprot自动下载任何有机体的数据库；

用户可以构建自己的数据库，并直接使用Funrich进行丰富分析。因此，Funrich允许进行完整的数据库定制，从而允许将该工具用作丰富分析的框架，而不管所使用的数据库是什么。

Funrich数据库选项目前支持的丰富分析：生物过程、细胞成分、分子函数、蛋白质结构域、表达位点(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)、生物途径、转录因子、临床概要表型术语。

下面就给大家简单举几个例子~

首先打开首页是这样的：

附图一张（不懂的自己研究）：

随便拿几组数据进行veen 图绘制。点击veen后，点击Add dataset，在input 对话框中粘贴数据，然后点击apply。重复操作即可。

点击Veen,软件即可对几组结果进行比较。

左上角edit color，可以对圆圈颜色进行更改。save veen，可以对分析结果进行保存。

如果你要分析基因的富集分析，点击Gene enrichment,按照上述方法输入数据。然后，点击Erichment analysis,选择所需要分析的类型：比如GO分析中的分子功能、生物过程、生物通路，组织表达，蛋白功能域等等。

结果输出根据p值富集显示，但一般结果默认输出排列前六位。此时在软件右侧，可以通过勾选百分比更高的相关通路进行展示，也可以直接在输出前更改。

可以通过修改compare、fold、compare quantity、fold quantity等进行结果的展示。

也可以通过chart type，选择饼图、柱状图等等展示结果。点击save chart,同样可以对结果进行保存。

更方便的是，这些分析结果也能导出Excel，看下图是不是非常详细！

除了这些分析，FunRich还能做相互作用分析，在侧边栏我们可以看到这些基因主要通路，右键还可以看某一通路的基因和位置。

另外还能看这个基因序列中的基因在组织中的表达情况。

如果你要分析miRNA的功能富集分析，首先点击miRNA enrichment,输入数据（同上）。然后点击miRNA Enrichment，选择你需要的分析类型：Cellular component、Biological procrss、Molecular function等等。

结果输出默认前六位，在右侧可以自行调整。

点击Chart Type选择需要的图形。如饼图、条形图、柱状图等。

点击Find target，寻找miRNA的靶基因，点击Export to file导出Excel数据。

所有miRNA的靶基因：

和每个miRNA的相关靶基因：

点击Find miRNA，把基因放进去。寻找哪些基因能靶向miRNA。

所有预测到的miRNA：

和每个基因相关的 miRNA：

关于Vesiclepedia功能，点击Load data ，选择要分析的如Protein,点击Load。

选择需要的数据，点击Export list。

导出表格后你会发现，它能给你样本里能检测到的蛋白，帮助我们搜索Vesiclepedia 数据库里的数据。

是不是非常方便~ 而且这个数据库还能实时更新呢！

ID conversion 转换功能可以说是非常nice了，选择你要转换的数据直接转换即可。

选New Set：

或GeneSymbol：

好了，今天小编就介绍到这里。关于其它的功能你们可以自行研究。在公众号回复“Funrich”，即可获取软件压缩包下载地址。

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