2023-07-10

2023-07-09 本文已影响0人 DoubleT_2aac

一、小分子处理
参考（Amber蛋白配体小分子动力学模拟 - 知乎 (zhihu.com)
①chimera对小分子加氢加电荷。
②antechamber
antechamber -i sm.pdb -fi pdb -o sm.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
③parmchk2 -i sm.mol2 -f mol2 -o sm.frcmod