官网：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

一、安装

• conda一键安装

conda install trp
trf -h

二、TRF分析

• 结果文件只能直接输出到当前文件夹，因此cd到新建的结果文件夹中运行

mkdir Result/trf
route=`pwd`
cd Result/trf
trf ../prokka/genome_prokka.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m 
cd $route

三、结果

一共四个文件，一个个展示文件部分内容。

• genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.1.html

• genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.1.txt.html

<pre>Found at i:42183 original size:10 final size:10
[Alignment explanation](http://tandem.bu.edu/trf/trf.definitions.html#alignment)
    Indices: 42170--42195  Score: 52
    Period size: 10  Copynumber: 2.6  Consensus size: 10
      42160 TATAACACAT
      42170 AATAATACAA
          1 AATAATACAA
      42180 AATAATACAA
          1 AATAATACAA
      42190 AATAAT
          1 AATAAT
      42196 TCTATATGTA
Statistics
Matches: 16,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00
Matches are distributed among these distances:
  10   16  1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.08, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (10 bp):   
AATAATACAA

Left flanking sequence: Indices 41670 -- 42169
ATATAGCAACTACTGTCTCTAATTGCTTTTCCTTATAGCTGTCTGACCATTCATCATGACGGAG

Right flanking sequence: Indices 42196 -- 42695
TCTATATGTATTGACTTTTAAAAATACTGCATGTATTATAAAAATATAAATCGTATTATTTATAA

• genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.dat

42170 42195 10 2.6 10 100 0 52 69 7 0 23 1.14 AATAATACAA AATAATACAAAATAATACAAAATAAT
75340 75612 61 4.5 60 73 13 243 37 25 18 18 1.94 AGGATCACCCCCACATACATGGGGAACACTAAATAATCCTAGTGGAAATATTCCATAAAC AGGATCACCCCCACATACATGGGGAACACTAAATAATCCTAGTGGATAATATTCCTTAAACAGGATCACCCCCACATACATGGGGAACACTTAAAGGACGTGTTGGAGATACACAAGACTACAGGATCACCCCCACATACATGGGGAACACTAGCTGAAATTTTAGGGACTACACAAAAAGTAAGGATCACCCCCACATACATGGGGAACACTAAATAATCCTAGTGGATAATATTCCTTAAACAGGAGCACCCCCACATACATGGGGAACAC
108121 108161 21 2.0 21 90 0 64 51 0 14 34 1.43 AATAATGGATAATGAGTTAAA AATAATGGATAATGAGTTAAAAATAATTGATAATGATTTAA
199168 199204 18 2.1 18 94 0 65 27 16 24 32 1.96 AGCTTTCACTTAAGGATG AGCTTTCGCTTAAGGATGAGCTTTCACTTAAGGATGA
199108 199264 78 2.0 77 87 4 226 27 18 21 33 1.96 AGCTTTCACTTAAGGATGAACTTGTACTCAAGGATTCACTCAACTGCTTGATGTACTTAAGCTTCCACTTAAGGATG AGCTTTCACTTAAGGATGAACTTGTACTCAAGGATTCACTTAATGAACTTGATGTGCTTAAGCTTTCGCTTAAGGATGAGCTTTCACTTAAGGATGAACTTGTGCTCAAGGATTCGCTCAAGCTGCTTGATGTACTTAAGCTTCCACTTAAGGATGA
199306 199340 18 1.9 18 88 0 52 25 20 22 31 1.98 AGCTTTCACTCAAGGATG AGCTTTCGCTTAAGGATGAGCTTTCACTCAAGGAT
199366 199400 18 1.9 18 88 0 52 25 20 22 31 1.98 AGCTTTCACTCAAGGATG AGCTTTCGCTTAAGGATGAGCTTTCACTCAAGGAT

• genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.mask

>1 [gcode=11] [organism=Genus species] [strain=strain]
ATTACTTCTTCAGCAAAGTTTTCTTCTTTCTTTTCGATACCTTCGCCAACTTCATAACGA
ACAAAAGATTTTACCTTACCATTCTTAGAAGCAACATATTTTGCAACTGTTAAATCAGGA
TCCTTAACAAAGTCTTGATCATCCAATGCAACTTCTGCAAAGAACTTGTTCAAGCGACCA
GCAACCATTTTTTCAATGATTTTTTCTGGCTTACCTTCATTCTTAGCTTCTTCTGTAAGA
ACTTCCTTTTCATGTGCAACTTCAGCTTCTGGAACTTCATCACGGTTTACATACTTAGGA
TTAATAGCAGCAACGTGCATAGCAACATCCTTAGCTGTAGCTTCATCAGCACCTTCTACT
ACTGACAATACAGCAATACGTCCACCATCGTGTAAGTATGCACCAAAGTTGTCAGCGTCT