【生信星球：生信学习小组】第3天

linux环境下的软件安装

软件管理器 conda系列

linux系统中方便快捷的下载器 -- conda ，相当于我们的软件商店，大致常见的软件包管理器有下面这些：

• conda：大boss，一个大的涵盖许多领域的软件包管理器；

• miniconda : 区域经理，业务范围：conda + python + base packages

• anaconda : 总管，职务比conda低，业务范围：miniconda + 150 high quality packages

其中，miniconda主要负责生信领域，也是官方推荐最easy的方式

操作

• 创建biosoft目录

mkdir biosoft

• 下载miniconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 激活conda

source ~/.bashrc

• 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

注：一次性全部复制，一起回车

• 查看软件列表

conda list

• 搜索软件

conda search fastqc

• 安装软件

conda install fastqc -y