pybedtools文档--筛选

2018-06-19  本文已影响0人  Greatji

1、BedTool.filter(func*args**kwargs)[source]

根据用户定义的功能进行特征的筛选,使func对Bedtool目标中的每一个特征进行评估,返回那些在func中值是True的特征。

args 和**kwargs 直接传递给 *func.

直接返回一个BedTool目标在内存中,如果想要保存结果,需要使用.saveas()方法。

>>> a=pybedtools.example_bedtool('a.bed')

>>> subset=a.filter(lambdab:b.chrom=='chr1' and b.start<150)

>>> len(a),len(subset)

(4, 2)

因此就从原有的4个记录中导出了2个符合要求的记录

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