Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析
2019-06-27 本文已影响2人
熊逸Byron
这篇文章发布于BioXiv。文章分析不难，解决的问题很有意思：我们通常使用细胞系来进行体外实验的验证，但是这些细胞系是否真的能够模拟原发肿瘤组织的生物学特点呢？作者的思路很清晰，利用TCGA数据库和CCLE数据库，评估细胞与肿瘤组织的相关性，并进行下游的转录组学分析，最终得到了所谓的TCGA-110，就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。这些细胞系可以进一步进行生物学实验分析。
作者研究的流程图。
TCGA与CCLE数据相关性分析
分析
常规的转录组下游
作者最后留下了一个网页工具，方便下载感兴趣的数据
http://comphealth.ucsf.edu/TCGA110
参考：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/422592v2.abstract
