RNA-seq简介
2021-10-12 本文已影响0人
Hello育种
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研究对象：mRNA，其来自特定的细胞和组织（在特定条件）
RNA使用试剂盒提取后，需要-80℃保存。质量查看：28S与18S比值，接近10为好
研究方法：
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得到fastQ文件，格式：
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解释：
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而后需要将RNA匹配到genome上（找基因）
查看基因的表达：
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2（基因大小不同）和3项（测序深度不同）表明，需要将reads数标准化
4则是为也校正p值，一般采用：
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查看基因表达不同
使用DESeq包，先做PCA，查看分别，接着clustering和heatmap查看样本分组情况。需要重点研究差异表达基因，对其做GO分析。
WGCNA做全部分析
文档及例子：
https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html
soft threshould:
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需要为network选择β，
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对不同基因进行module分组：
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查看各module与各性状的关系：
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最后查看显著差异基因与module内部基因的关系：
模块成员 (MM) = 模块特征基因（模块的平均值）与基因表达谱的相关性
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