课前准备----利用10X HD重构空间单细胞级别的数据
2024-08-13 本文已影响0人
单细胞空间交响乐
作者，Evil Genius
课上我们提到过，10X HD的分析，一刀切的8um、16um 的分析方式从准确度上来讲只能打60分，结合图像信息重构单细胞级别的空间数据可以打85~90分，结果更为准确一点。
其中的核心就是---将空间捕获区域聚集到单细胞的精度水平，这其中就需要利用形态学图像分割和基因表达信息。
原则上看，华大220nm的精度运用这个分析效果应该会更好。
Stereo-Seq和S3000这样的新平台克服了早期方法的技术缺陷，并在亚细胞分辨率上产生了全面的基因表达信息。10X HD2 um的精度也属于亚细胞级，那么从数据中重建单个细胞变得很有吸引力，将亚细胞2um bin连接成单个细胞，这是通过使用StarDist进行形态分割来完成的。
分析方法python版本，与scanpy完全兼容，分析思路图如下
对比一下直接8um和重构单细胞级别空间数据最直观的不同。
8um
重构单细胞级数据
