GBKviz:可能是easyfig最好的替代
2022-12-20 本文已影响0人
大坏蛋HYB
GBKviz 是一个基于 web 的 Genbank 数据可视化和比较工具,使用 streamlit web 框架开发。 GBKviz 允许用户在用户指定的基因组区域(PNG 或 SVG 格式可用)中轻松灵活地绘制 CDS。它还支持通过 MUMmer 绘制基因组比较结果。 GenomeDiagram 是 BioPython 模块的一部分,用于绘制图表。本软件是在 EasyFig 的强烈启发下开发的。
访问GBKviz网页版可以去网页版试试,找两个NCBI数据库的质粒就可以。
安装
本地建一个单独的环境:
conda create -n gbkviz
建好以后激活环境:
source activate gbkviz
因为装了mamba,所以就用mamba了,跟conda是一样的:
mamba install -c bioconda -c conda-forge gbkviz
运行
直接输入:
gbkviz_webapp
回车运行:
点击选择Network URL后面那个网址即可,会打开浏览器进入本地页面。
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左边导入gbk文件
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导入以后会自动生成一个基础的图:
04
在左侧可以调节参数,显示基因标签,箭头样式,标签角度等等,调节到自己合适后:
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可以下载svg格式进入AI等软件进行进一步的美化。
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