在线作图丨绘制一个含饼图的组内网络分析图（Network Ana

前几期小编给大家介绍了如何做一个组间网络分析图（Network Analysis）有小伙伴希望小编更新一期组内互作网络的说明。所以，它来了~

Q1：什么是网络分析（Network Analysis）？

网络分析（network analysis）是通过计算特征值间的相关系数，寻找变量之间的联系，以网络图或者连接模型（connection model）来展示数据的内部结构，并将显著相关的特征节点用不同粗细的线相连来表示不同变量（物种或基因等）间的相互作用关系。从而简化复杂系统并提取有用信息的一种定量分析方式。在生态学中常利用相关性来构建网络模型，可以使用一个数据集例如物种群落数据进行分析，这时候展现物种之间的共出现模式（co-occurance pattern），也可以结合多个数据集进行分析，例如分析环境因子对物种的影响等。

组内互作网络图反应的是一组数据内部不同元素间的关联性。如：微生物物种间的相互关系等。图中每个圆圈可以代表一种微生物、基因、蛋白质或者代谢物等，连线代表元素之间的相关性高低。TUTU云平台的组内网络分析中不同颜色的圆圈对应不同的元素聚类。如果有分组信息，图图还能在节点上以饼图的形式显示该物种上的权重（左）目前网络分析的常见展现形式有分散型（中）和球型（右），通过Gephi软件可以将分散的点转换为球型布局。

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Q2：能否不学R语言就能做网络分析？

图图云（www.cloudtutu.com），操作步骤如下：

①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）

②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录；

③登录后在工具一栏（高级分析）里找到组间网络分析，点击进入；

④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的组内Network图喽~

话不多说，我们开始行动吧~

Step 1 上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传；

平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。

a) 准备一个数据矩阵（如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；

b) 表格需要带表头和列名，第一行为样本名，第一列为组成因子名，例如OTU ID，基因ID、身高、代谢物名称等。

c) 请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该.txt文件。

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Step 2 设置参数

可以根据自己需求选择计算方法，调整绘制数量，调整seed值，调整线条颜色，调整显示标签比例，设置好参数后点击运行按钮即可生成对应图片。

2.1 计算方法：

（1）Pearson相关系数（皮尔逊积差相关系数）

适用于两个正态分布的连续变量。

（2）Spearman等级相关系数（斯皮尔曼秩相关系数）

利用两变量的秩次大小来进行分析，属于非参数统计方法。适用于不满足Pearson相关系数正态分布要求的连续变量。也可以用于有序分类变量的之间的相关性测量。

Tips: 皮尔森评估的是两个变量的线性关系，而斯皮尔曼评估的两变量的单调关系。斯皮尔曼相关系数对于数据错误和极端值的反应不敏感。

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2.2 绘制数量：选取丰度排名前多少的元素进行绘图，上线为200，大于200个元素绘制的图片很乱，影响可解释性，不推荐使用。

2.3 Seed值：用来微调图片布局的参数。

2.4 线条颜色：图中连线的颜色，以浅灰色为主。

2.5 标签比例：图中标签的字体大小。

2.6 是否分组：可根据需求选择是否对数据进行分组。

在绘图区的下方对分组信息进行在线编辑，也可点击“输入分组”手动粘贴分组信息，如图：第一列为样品名称，第二列为样品组名。有分组信息时，图中圆圈会以饼图的形式展示组间该元素的含量差异。如图：

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Step 3 下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行后等待5-10秒即可下载结果，平台提供PDF格式的矢量图下载。Network Analysis结果还包含了点(node)和边(edge)文件下载，用户可下载点/边文件用Gephi软件对网络图进行进一步调整。

Step 4 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape或AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。Network Analysis结果还包含了点(node)和边(line)文件下载，用户可下载点/边文件用Gephi软件对网络图进行进一步调整。下边是小编用自己的数据在线画的网络图（左图），和用Gephi调整后的结果（右图），是不是还不错~

Step 5 写作建议

Network analysis was performed on Tutoolsplatform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
Network analysis revealing (a) co-occurrence patterns among ARG subtypes and (b) co-occurrence patterns between ARG subtypes and microbial taxa at the genus level. Nodes are colored according to modularity classes. A connection represents a strong (r > 0.8) and significant (P < 0.01) correlation. The size of each node is proportional to the number of connections. (参考文献：Network analysis revealing a co-occurrence patterns among ARG subtypes, Fig. 4)