GWAS理论 1-3 群体结构与亲缘关系评估

一. 群体结构评估

1.群体结构

群体结构

群体结构评估内容

1. 构建系统发育树
2. 群体结构分析
3. PCA（主成分分析）

群体结构评估的主要内容

a.系统发育树

系统发育树重构

一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就是针对 NJ 法构树的。
系统发育树相关介绍

b.群体结构分析

群体结构分析

STRUCTURE 和 ADMIXTURE 现在使用的最多。两者用的模型是一样的。

Structure中群体的亚群数被称为K值。上图中分别列出了K=5-14时的结果。图中每一种颜色代表一个类群，每个个体代表图中的一个小柱状堆叠图，那么我们可以看出有些个体血统较为纯正，有些则出现了混杂。通过颜色我们便可以对种群中的个体进行不同亚群的划分。
关于structure的相关解释http://www.genedenovo.com/news/364.html

STRUCTURE
ADMIXTURE

群体结构分析的主要结果

c.PCA（主成分分析）

PCA

协方差（Covariance）在概率论和统计学中用于衡量两个变量的总体误差。而方差是协方差的一种特殊情况，即当两个变量是相同的情况。
协方差表示的是两个变量的总体的误差，这与只表示一个变量误差的方差不同。 如果两个变量的变化趋势一致，也就是说如果其中一个大于自身的期望值，另外一个也大于自身的期望值，那么两个变量之间的协方差就是正值。 如果两个变量的变化趋势相反，即其中一个大于自身的期望值，另外一个却小于自身的期望值，那么两个变量之间的协方差就是负值。

如何选用

二. 亲缘关系评估

亲缘关系

这里 F 是近交系数，关于这个公式的推导可以看看孟浩巍的课，推到的很详细

这里的参考网站是http://www.zzlab.net/StaGen/2018/index.html

不同的方法得到的结果大致相似

三. 群体结构和亲缘关系的使用

使用