我做了一个YGC系列R包教学专用docker镜像

写在前面

Emmm，三天生信讨论会就这样过去了。明天是「大湿兄」- YGC 来讲演，主要介绍其与团队开发的系列 R 包。可以说，在数据可视化一块，已然封神。
此次讨论会准备的是 docker 镜像，没有 GUI。从某个角度来说，不能很好的展现 Y叔 R 包的惊艳效果，尽管不影响使用。
正巧，前天讲 RNAseq 时，发现镜像没有配置 WGCNA 包。索性，花了点时间，干脆就打了一个 Rstudio-Webserver 镜像，其中附带了绝大多数 Y 叔叔的作品，尤其是成名作 ggtree，当然也有 clusterProfiler。

docker 镜像的下载与导入

目前，我打包成一个文件rserverpro.tar.xz，放在下述

https://tbtools.cowtransfer.com/s/2d82681ead534d

导入镜像，与之前的教程一样，打开终端（CMD 或 Terminal）

docker load -i rserverpro.tar.xz

等待一小会，即可完成

docker images

可以看到镜像

使用该镜像

与其他教程操作类似，我们直接在目标工作目录，如“暑期培训示例数据”下，打开终端，随后输入

# 如果是windows CMD
docker run --rm -it -v %cd%:/home/rstudio -p 8787:8787 -e PASSWORD=xialab rserverpro 

可以看到输出消息

随后直接打开本地浏览器，地址栏输入

localhost:8787

如果提示要求输入账号密码，那么是账号是rstudio，密码是xialab。
随后，可以在其中愉快使用YGC系列R包。实时看到图片输出等等...

大写包括这些包

"WGCNA"
"clusterProfiler"
"DOSE"
"enrichplot"
"ggtree"
"BiocParallel"
"org.Hs.eg.db"
"ggtreeExtra"
"ggplot2"
"ggnewscale"
"ggupset"
"tidydr"
"TDbook"

写在最后

果然，R包还是可视化的情况下使用，看起来舒服一些，尽管不是必要。