《R语言实战》前五章阅读学习的简略记录

工作空间

工作空间

工作空间（workspace）就是一个储存着你定义的各种R对象的临时工作环境。当退出一次R会话时，可以将工作空间保存在镜像文件中，下次打开这个文件便会自动载入。

相关函数

函数	功能
ls()	列出当前工作空间中的对象
history()	显示最近使用的命令
savehistory('file.Rhistory')	保存命令至file.Rhistory文件
loadhistory('file.Rhistory')	载入file.Rhistory文件
load(file)	加载R对象，一般为.Rdata文件
save(object, file = "")	保存对象至某文件中
q()	退出R，并询问是否保存会话

当前工作目录

工作目录（working directory）是用于的读取文件和输出的结果的默认目录。如果要读入非默认目录下文件或者将结果保存至非默认目录下，则需要指出目录的完整路径。
在R里，路径使用引号""或''括起来目录和文件名，并使用单正斜杠/或者双反斜杠\\进行分隔（单反斜杠\为转义符号）。例如：'E:/software/R'与'E:\\software\\R'。

相关函数

函数	功能
getwd()	获取当前工作目录
setwd()	设置工作目录
dir.exists('filename')	判断是否存在某目录，返回逻辑值
file.exists('filename')	判断是否存在某文件，返回逻辑值
dir.create('dirname')	创建目录
file.path('a1','b2','c3')	构造某文件的路径，示例输出"a1/b2/c3"
list.files('dirname')	以向量形式列出指定目录下文件名
list.dirs('dirname')	以向量形式列出指定目录下的子目录名

包

包（package）是R函数、数据和预编译代码的集合。R的包在计算机中的保存目录称为库（library）。R自带了一系列默认的内置包，提供大量的基础函数功能。同时也可以自行下载安装其他包。

相关函数

函数	功能
.libPaths()	显示库的的目录
install.packages("packagename")	下载安装指定名称R包
update.packages()	更新已经安装的包
library("packagename")	显示库中的包，加R包名称则是加载改R包
search()	显示已加载可使用的包

从Bioconductor下载R包

Bioconductor中提供了大量使用R语言编写的用于分析和处理高通量测序数据的工具包，这些工具包都是开源代码并且开放分发。同时，Bioconductor还提供了优秀的R包说明书和各组学完整的工作流程。学习生信知识的一大利器,像转录组差异分析常用的R包DESeq2，edgeR，或者目前大热的单细胞测序数据分析的许多R包，如simpleSingleCell，SingleR，以及其他大量生物信息学会用到的R包都可以从Bioconductor下载。

相关函数

函数	功能
install.packages("BiocManager")	下载安装访问Bioconductor存储库
BiocManager::install('packagename')	从Bioconductor存储库下载R包

从Github下载R包

一些源码R包作者会放在Github上，可以使用下列函数进行下载。

相关函数

函数	功能
install.packages("devtools")	下载安装连接Github库的R包
devtools::install('packagename')	从Github下载安装R包

输入输出

输入并执行R的脚本文件，以及将文本输出结果重定向至某一文件。
相关函数

函数	功能
source('filename')	执行该R脚本
sink('filename')	将文本输出重定向至某文件
dev.off()	关闭终端图形显示设备